Efsaneye göre Efes, Amazonlar tarafından kurulmuş ve adını kabilenin kraliçesinden almıştır. Karialılar ve Lelegler’in şehrin ilk sakinleri olduğu söylenir. İkinci bir efsaneye göre, şehir yıkıldıktan sonra Atinalı Kodros’un oğlu Androklos, bir balık ve bir yaban domuzunun kendisine gösterdiği bir yerde şehri yeniden kurmuştur.
MÖ 7. yüzyılda bölge Kimmer istilasıyla harap oldu. Lidya Kralı Krezüs’ün Pers Kralı Kiros tarafından yenilmesi, Perslerin Efes üzerine ilerlemesine olanak sağladı. İyon şehirleri Perslere karşı ayaklandı, ancak Efes kısa sürede kendini diğerlerinden ayırdı ve böylece yıkımdan kurtuldu.
MÖ 3. yüzyılda Büyük İskender, Persleri Küçük Asya’dan çıkarmaya çalıştı. İskender’in yönetimi elli yıllık bir barış dönemini başlattı. O öldüğünde, devletin yöneticisi olan on iki generali arasından biri olmuş olan Lysimakhos, şehri geliştirmeye karar verdi. Yeni bir liman inşa etti, savunma surları yaptı ve tüm şehri ilk konumunun birkaç mil güneybatısına taşıdı. Efesliler ayrılmaya yanaşmayınca, Lysimakhos kanalizasyon sistemini tıkattı; böylece bir fırtına sırasında taşacak ve evleri oturulamaz hale getirecekti. MÖ 281’de şehir (yeniden) kuruldu ve Akdeniz’in en önemli ticari limanlarından biri haline geldi.
MÖ 129’da Romalılar, Asya eyaletinin Roma İmparatorluğu tarafından yönetilmesine bırakan Pergamon Kralı’nın vasiyet şartlarından yararlandılar. Bu dönemde Efes’in 200.000’den fazla sakini vardı ve dünyanın en büyük şehirlerinden biriydi.
MÖ 1. yüzyılda, Roma’dan gelen ağır vergiler Mithridates’i Roma otoritesine karşı bir isyan başlatmaya yöneltti. Üç yıl sonra Sulla, şehri katliamdan geçirdi ve onu yeniden Roma egemenliğine soktu.
Bugün hayranlık duyduğumuz binaların çoğu Augustus döneminden itibaren inşa edilmiştir. MS 1. yüzyıldaki bir deprem büyük bir yeniden yapılanmaya yol açtı. Efes yeniden çok önemli bir ticaret ve alışveriş merkezi ile önde gelen bir siyasi ve entelektüel merkez haline geldi.
MS 1. yüzyıldan itibaren Efes, Hristiyan inancını yaymaya çalışan Hristiyan öğrenciler tarafından ziyaret edildi. Efes, Doğu ile Batı arasında birçok insanı birbirine bağlamaya yardımcı olan önemli bir noktaydı. Ayrıca son derece güzel bir iklime sahipti ve şehir Artemis kültünün merkeziydi. Son derece gelişmiş yaşam tarzı, yüksek yaşam standardı, çeşitlilik gösteren demografisi ve çoktanrılı kültürüyle şehir, Hristiyanların dönüşüm çalışmaları için ideal bir yer olurdu.
Hem Aziz Yuhanna hem de Aziz Pavlus seyahatleri sırasında Efes’e geldi. Aziz Pavlus, şehre yaptığı üçüncü ziyarette yerel gümüşçülerle karşı karşıya geldi. Zanaatkârlar, Pavlus’un vaaz verdiği tiyatroya binlerce Efesliyi getirerek Havariyi yuhalattı ve taşlattı. Pavlus yargılandı ve hapsedildi, ardından şehirden çıkarılmak zorunda bırakıldı.
Rivayete göre Evangelist Aziz Yuhanna da Bakire Meryem’i gözetimi altında tutarak Efes’e geldi. Orada kaldığı süre boyunca ona bir ev yaptı ve bazıları İncil’ini burada yazdığına inanır. MS 269’da Efes Gotlar tarafından yağmalandı. Artemis Tapınağı yıkıldı. Tapınak, İmparator Theodosius’un emriyle kalıcı olarak kapatıldı.
Ege ticaret yollarının ortasındaki korunaklı liman ile büyük kara ticaret yollarının batı ucundaki kara konumu birleşince şehir prosper oldu. Ancak şehre başlangıçta büyük başarı getiren liman, aynı zamanda şehrin yer değiştirmesinin ve sonunda terk edilmesinin de büyük bir parçasıydı. Orta Çağ’a gelindiğinde liman ihmal belirtileri gösteriyordu. Ağır şekilde alüvyonla dolmuş sular, şehrin gelişmesine yardımcı olan ticaretten kopmasına yol açtı. Ayrıca sıtma hastalığını da beraberinde getirdi. Bizans dönemine gelindiğinde liman geçilemez hale gelmiş olacaktı.
Hristiyanlığın yeni yayılışı, çoktanrılı bağları olan tüm binaların terk edilmesine yol açtı. Şehirde iki Ekümenik Konsil düzenlendi ve 6. yüzyıldan itibaren Aziz Yuhanna Kilisesi önemli bir hac yeri oldu. Kısa süre sonra, Bakire Meryem Kilisesi ve diğer ibadet yerleri Arap akınlarında yıkıldı.
7. yüzyılda şehir, günümüzde Selçuk kasabasının bulunduğu bölgeye taşındı. Bizans döneminde Efes, Ayasuluk Dağı’nın zirvesi çevresinde yavaş yavaş büyüdü. Orta Çağ’da şehir bir liman olarak işlevini yitirdi. Terk edildi ve sonunda doğal peyzaj tarafından gömüldü.
1900’lerin başında Artemis Tapınağı’nı arayan arkeologlar şehri gün yüzüne çıkarmaya başladı. Birkaç büyük heykel ve sanat eseri Londra Müzesi’ne veya Avusturya Arkeoloji Enstitüsü’ne götürüldü. Kazılar günümüze kadar devam ediyor ve eserler, alanın çok da uzağındaki Efes Müzesi’ne taşınıyor.
Yani Efes’in tarihi kısa bir tarih değildir.