Enligt legenden grundades Efesos av amazonerna och fick sitt namn efter stammens drottning. Karieserna och lelegerna sägs ha varit stadens första invånare. En andra legend hävdar att efter att staden föll återupprättade Androklos, son till Kodros av Aten, den på en plats som visades för honom av en fisk och en vildsvin.
På 700-talet f.Kr. ödelades regionen av en kimmerisk invasion. Nederlaget för den lydiske kungen Kroisos mot Cyrus, Persiens kung, gjorde det möjligt för Persien att avancera mot Efesos. De joniska städerna gjorde uppror mot Persien, men Efesos tog snabbt avstånd från de andra och undgick därför förstörelse.
På 300-talet f.Kr. försökte Alexander den store driva ut perserna ur Mindre Asien. Alexanders styre inledde femtio år av fred. När han dog beslutade Lysimachos, som hade varit en av de tolv generalerna som blev härskare över en stat, att utveckla staden. Han byggde en ny hamn, uppförde försvarsmurar och flyttade hela staden några kilometer sydväst om dess ursprungliga plats. När efesierna inte ville lämna, lät Lysimachos blockera avloppssystemet så att det skulle svämma över under en storm och göra husen obeboeliga. År 281 f.Kr. grundades staden på nytt (igen) och blev en av de viktigaste kommersiella hamnarna i Medelhavet.
År 129 f.Kr. utnyttjade romarna villkoren i pergamonkungens testamente, som lämnade provinsen Asien att styras av Romarriket. Vid denna tid hade Efesos över 200 000 invånare och var en av de största städerna i världen.
På 100-talet f.Kr. ledde höga skatter från Rom till att Mithridates inledde ett myteri mot den romerska makten. Tre år senare ledde Sulla en massaker i staden och förde den tillbaka under romerskt styre.
Det var från Augustus regeringstid och framåt som de flesta av de byggnader vi beundrar i dag uppfördes. En jordbävning på 100-talet e.Kr. ledde till en omfattande återuppbyggnad. Efesos blev återigen ett mycket viktigt centrum för handel och kommers samt ett ledande politiskt och intellektuellt centrum.
Från och med 100-talet e.Kr. besöktes Efesos av kristna lärjungar som försökte sprida den kristna tron. Efesos var en viktig knutpunkt som hjälpte till att knyta samman många människor mellan öst och väst. Den hade också ett exceptionellt fint klimat och staden var centrum för Artemis-kulten. Staden, med sitt högt utvecklade levnadssätt, sin höga levnadsstandard, sin varierade demografi och sin polyteistiska kultur, skulle ha varit en idealisk plats för de kristna att arbeta med omvändelse.
Både Sankt Johannes och Sankt Paulus kom till Efesos under sina resor. Sankt Paulus kom på kant med lokala silversmeder under sitt tredje besök i staden. Hantverkarna förde tusentals efesier till teatern där Paulus predikade, för att bua ut och stena aposteln. Paulus ställdes inför rätta och fängslades innan han tvingades lämna staden.
Enligt legenden kom även evangelisten Sankt Johannes till Efesos tillsammans med Jungfru Maria i sin vård. Under sin tid där byggde han ett hus åt henne och vissa menar att det var där han skrev sitt evangelium. År 269 e.Kr. plundrades Efesos av goterna. Artemistemplet förstördes. Templet stängdes permanent på order av kejsar Theodosius.
Den skyddade hamnen mitt i de egeiska handelsrutterna, kombinerad med inlandsläget vid den västra kanten av en stor landbaserad handelsrutt, hjälpte staden att blomstra. Men hamnen som först gav staden sådan framgång var också en viktig del av dess förflyttning och slutliga övergivande. Under medeltiden visade hamnen tecken på förfall. Det kraftigt igenslammade vattnet orsakade isolering från den handel som hade hjälpt staden att blomstra. Det medförde också malariasjukdom. Vid den bysantinska eran skulle hamnen ha varit ofarbar.
Kristendomens nya spridning ledde till att alla byggnader med polyteistiska kopplingar övergavs. Två ekumeniska koncilier ägde rum i staden och från och med 500-talet var Sankt Johannes-kyrkan en viktig pilgrimsplats. Kort därefter förstördes Jungfrukyrkan och andra gudstjänstplatser i arabiska räder.
På 700-talet flyttade staden till området som nu upptas av staden Selçuk. Under den bysantinska eran växte Efesos gradvis upp kring toppen av berget Ayasuluð. Under medeltiden upphörde staden att fungera som hamn. Den övergavs och begravdes slutligen av det naturliga landskapet.
I början av 1900-talet började arkeologer som letade efter Artemistemplet att frilägga staden. Flera stora skulpturer och konstföremål fördes till London Museum eller det Österrikiska arkeologiska institutet. Utgrävningarna fortsätter än i dag, och fynd förs till Efesos museum inte långt från platsen.
Så Efesos historia är inte en kort historia.