전설에 따르면, 에페소스는 아마존족에 의해 세워졌으며 부족의 여왕의 이름을 따서 명명되었다고 합니다. 카리아인과 레레기안인들이 이 도시의 최초 거주자였다고 전해집니다. 또 다른 전설은 도시가 함락된 후 아테네의 코드로스의 아들 안드로클루스가 물고기와 멧돼지가 그에게 보여준 장소에 도시를 다시 세웠다고 주장합니다.
기원전 7세기에 이 지역은 킴메르인의 침입으로 황폐화되었습니다. 페르시아의 왕 키루스가 리디아의 왕 크로이소스를 물리치자 페르시아는 에페소스로 진군할 수 있게 되었습니다. 이오니아 도시들이 페르시아에 반란을 일으켰지만, 에페소스는 재빨리 다른 도시들과 거리를 두었고 그 결과 파괴를 면했습니다.
기원전 3세기에 알렉산더 대왕은 페르시아인들을 소아시아에서 몰아내려 했습니다. 알렉산더의 통치는 50년의 평화를 열었습니다. 그가 죽자, 국가의 통치자가 된 12명의 장군 중 한 명이었던 리시마코스가 도시를 발전시키기로 결정했습니다. 그는 새로운 항구를 건설하고 방어벽을 세웠으며, 도시 전체를 원래 위치에서 남서쪽으로 몇 마일 옮겼습니다. 에페소스 사람들은 떠나기를 원하지 않았고, 리시마코스는 폭풍 때 홍수가 나서 집들이 살 수 없게 되도록 하수 시스템을 막아 버렸습니다. 기원전 281년에 도시는 (다시) 재건되었고 지중해에서 가장 중요한 상업 항구 중 하나가 되었습니다.
기원전 129년에 로마인들은 페르가몬 왕의 유언 조건을 이용하여 아시아 속주를 로마 제국이 통치하게 되었습니다. 이때 에페소스에는 20만 명이 넘는 시민이 있었고, 세계에서 가장 큰 도시들 중 하나였습니다.
기원전 1세기에 로마의 과도한 세금은 미트리다테스를 로마 권위에 맞서는 반란을 일으키게 했습니다. 3년 후 술라는 도시에서 학살을 벌였고 에페소스를 다시 로마의 통치 아래 두었습니다.
우리가 오늘날 감탄하는 대부분의 건물들은 아우구스투스의 통치 이후에 지어졌습니다. 1세기 AD의 지진으로 대규모 재건이 이루어졌습니다. 에페소스는 다시 무역과 상업의 매우 중요한 중심지이자 정치와 지성의 선도적 중심지가 되었습니다.
1세기 AD 이후, 에페소스는 기독교 신앙을 전파하려는 기독교 제자들의 방문을 받았습니다. 에페소스는 동서양의 많은 사람들을 연결하는 데 도움이 된 중요한 지점이었습니다. 또한 기후가 매우 훌륭했고, 도시 자체가 아르테미스 숭배의 중심지였습니다. 매우 발달한 생활 방식, 높은 생활 수준, 다양한 인구 구성, 다신교 문화는 기독교인들이 개종 활동을 하기에 이상적인 장소였을 것입니다.
성 요한과 성 바울 모두 여행 중 에페소스를 방문했습니다. 성 바울은 세 번째 방문 때 현지 은세공인들과 충돌했습니다. 장인들은 수천 명의 에페소스 사람들을 극장으로 데려왔고, 그곳에서 바울이 설교하고 있었습니다. 그들은 사도에게 야유를 보내고 돌을 던졌습니다. 바울은 재판을 받고 투옥되었으며, 결국 도시에서 쫓겨났습니다.
전승에 따르면 복음사가 성 요한도 성모 마리아를 맡은 채 에페소스에 왔다고 합니다. 그곳에 있는 동안 그는 그녀를 위한 집을 지었고, 어떤 이들은 그곳이 그가 복음을 쓴 장소라고 믿습니다. 서기 269년에 에페소스는 고트족에게 약탈당했습니다. 아르테미스 신전은 파괴되었습니다. 신전은 테오도시우스 황제의 명령으로 완전히 폐쇄되었습니다.
에게 해 무역로의 중앙에 있는 보호된 항구와 거대한 육상 무역로의 서쪽 끝에 위치한 지리적 조건이 결합되어 도시가 번영할 수 있었습니다. 그러나 처음에는 도시를 그토록 성공으로 이끌었던 항구는 도시가 옮겨지고 결국 버려지는 데에도 큰 역할을 했습니다. 중세에 이르러 항구는 방치된 흔적을 보였습니다. 심하게 퇴적된 물은 도시가 번영하게 했던 무역으로부터의 고립을 초래했습니다. 또한 말라리아성 질병을 가져왔습니다. 비잔틴 시대에 이르러 항구는 통행이 불가능했을 것입니다.
기독교의 새로운 확산은 다신교와 관련된 모든 건물의 버려짐으로 이어졌습니다. 도시에서는 두 차례의 세계 공의회가 열렸고, 6세기 이후 성 요한 교회는 중요한 순례지가 되었습니다. 그 직후 성모 교회와 다른 예배 장소들은 아랍의 습격으로 파괴되었습니다.
7세기에 도시는 현재 셀주크 마을이 차지하고 있는 지역으로 옮겨졌습니다. 비잔틴 시대 동안 에페소스는 아야술뤼크 산 정상 주변으로 점차 성장했습니다. 중세 동안 도시는 항구로서의 기능을 멈췄습니다. 도시는 버려졌고 마침내 자연 지형에 묻혀 버렸습니다.
1900년대 초 아르테미스 신전을 찾던 고고학자들이 도시의 발굴을 시작했습니다. 여러 주요 조각품과 예술품이 런던 박물관이나 오스트리아 고고학 연구소로 옮겨졌습니다. 발굴은 오늘날까지 계속되고 있으며, 유물들은 현장에서 멀지 않은 에페소스 박물관으로 옮겨지고 있습니다.
그러므로 에페소스의 역사는 짧은 역사가 아닙니다.