За легендою, Ефес був заснований амазонками і названий на честь цариці племені. Кажуть, що карійці та легійці були першими жителями міста. Друга легенда стверджує, що після падіння міста Андрокл, син Кодруса з Афін, відновив його в місці, вказаному йому рибою та кабаном.
У 7 столітті до н. е. регіон був спустошений вторгненням кіммерійців. Поразка лідійського царя Креза від Кіра, царя Персії, дала Персії змогу просуватися на Ефес. Іонійські міста повстали проти Персії, але Ефес швидко відокремився від інших і тим самим уникнув руйнування.
У 3 столітті до н. е. Олександр Великий намагався вигнати персів з Малої Азії. Правління Олександра принесло п’ятдесят років миру. Після його смерті Лісімах, який був одним із дванадцяти полководців, що стали правителями держав, вирішив розвивати місто. Він побудував нову гавань, звів оборонні стіни та переніс усе місто на кілька миль на південний захід від його початкового місця. Коли ефесці не захотіли залишати місто, Лісімах наказав заблокувати каналізаційну систему, щоб під час бурі її затопило і будинки стали непридатними для життя. У 281 році до н. е. місто було засноване знову і стало одним із найважливіших торговельних портів Середземномор’я.
У 129 році до н. е. римляни скористалися умовами заповіту царя Пергама, який залишив провінцію Азія під владою Римської імперії. На той час в Ефесі було понад 200 000 жителів, і він був одним із найбільших міст світу.
У 1 столітті до н. е. високі податки з боку Риму спонукали Мітрідата підняти заколот проти римської влади. Через три роки Сулла влаштував різанину в місті та повернув його під римське правління.
Саме з правління Августа більшість будівель, якими ми захоплюємося сьогодні, були зведені. Землетрус у 1 столітті н. е. призвів до масштабної відбудови. Ефес знову став дуже важливим центром торгівлі та комерції і провідним політичним та інтелектуальним центром.
Від 1 століття н. е. Ефес відвідували християнські учні, які намагалися поширювати християнську віру. Ефес був важливим пунктом, що допомагав поєднувати багатьох людей між Сходом і Заходом. Тут також був надзвичайно сприятливий клімат, а місто було центром культу Артеміди. Місто з його дуже розвиненим способом життя, високим рівнем життя, різноманітною демографією та політеїстичною культурою було б ідеальним місцем для роботи християн над наверненням.
І святий Іоан, і святий Павло прибували до Ефеса під час своїх мандрів. Святий Павло посварився з місцевими сріблярями під час свого третього візиту до міста. Майстри привели тисячі ефесців до театру, де Павло проповідував, щоб глузувати та каменувати апостола. Павла судили і ув’язнили, а потім змусили покинути місто.
Легенда свідчить, що святий Іоан Богослов також прибув до Ефеса з Дівою Марією під своєю опікою. Під час перебування там він побудував для неї дім, і дехто вважає, що саме там він написав своє Євангеліє. У 269 році н. е. Ефес був розграбований готами. Храм Артеміди був зруйнований. Храм було остаточно закрито за наказом імператора Феодосія.
Захищена гавань посеред торговельних шляхів Егейського моря, у поєднанні з розташуванням на суші на західній околиці великих сухопутних торговельних шляхів, допомогла місту процвітати. Однак гавань, яка спочатку принесла місту такий успіх, також значною мірою сприяла його переміщенню та зрештою занепаду. До Середньовіччя гавань уже мала ознаки занедбаності. Сильно замулена вода спричинила ізоляцію від торгівлі, яка допомогла місту процвітати. Це також принесло малярійну хворобу. На час візантійської епохи гавань була б непрохідною.
Нове поширення християнства призвело до занедбання всіх будівель, пов’язаних із політеїзмом. У місті відбулися два Вселенські собори, а з 6 століття церква святого Іоана була важливим місцем паломництва. Невдовзі після цього церкву Богородиці та інші місця поклоніння було зруйновано під час арабських набігів.
У 7 столітті місто перемістилося до району, який нині займає місто Сельчук. У візантійську епоху Ефес поступово розростався навколо вершини гори Айясулуґ. У Середньовіччі місто перестало функціонувати як порт. Воно було покинуте і зрештою поховане природним ландшафтом.
На початку 1900-х років археологи, які шукали храм Артеміди, почали розкопувати місто. Кілька великих скульптур і творів мистецтва було передано до Лондонського музею або до Австрійського археологічного інституту. Розкопки тривають і донині, а артефакти передають до Музею Ефеса неподалік від місця розкопок.
Отже, історія Ефеса — це не коротка історія.